Когда Эль Греко приехал в Испанию, ему было уже 36 лет. Эта страна стала его второй родиной, здесь окончательно сформировалось его сложное искусство. Первые произведения после приезда художник выполнил в Толедо. Благодаря им он стал знаменит. В 1579 году последовали заказы от короля. Для Эскориала Эль Греко поручили написать картину «Мучение святого Маврикия» (1582, Эскориал). Сюжет рассказывает о военачальнике — борце за христианскую религию, на глазах которого был уничтожен весь его легион. Художник изобразил Маврикия не как воина, а как философа, пережившего внутреннюю драму и теперь спокойно принимающего свою судьбу. В его отрешенности и взволнованном смирении есть нечто родственное созерцательной философии. Художественный строй картины отличается большой эмоциональностью: напряженная динамика композиции, широкая темпераментная живопись, звонкий и дразнящий колорит —• сочетание желтых и синих тонов. Все было в этой картине слишком смело, слишком необычно. В спокойно-величавых стенах Эскориала она выглядела дерзко, не столько вызывала желание молиться, сколько будоражила мысли. Король отверг ее и больше не давал художнику заказов (Впоследствии Веласкес вернул картину на то место, для которого она была предназначена.). Летописец Эскориала, падре Сигуэнса, записал спустя два десятилетия: «От Доменико Греко, который еще живет и создает великолепные произведения в Толедо, осталась здесь картина о святом Маврикии и его солдатах... Она не понравилась его Величеству... хотя и говорят, что в ней большое искусство... Святые должны быть написаны в манере, которая не лишает желания молиться перед ними...»

Эль Греко навсегда обосновался в Толедо. Бывшая столица Испании, это был один из самых красивых, богатых и культурных ее городов. В Толедо жила старая кастильская знать, враждебно настроенная к королю, здесь концентрировались ученые и поэты. Эль Греко нашел среди них друзей и покровителей, в замкнутом кругу которых провел всю жизнь. В Толедо он получил признание и славу, распространившуюся впоследствии по всей Испании. Севильский художник, теоретик и историк испанской живописи, Франсиско Пачеко, специально приезжал в Толедо познакомиться с Эль Греко, о необычном искусстве которого шла молва. Ему принадлежат слова о том, что толедский мастер был не только великим художником, но и философом.

В 1586 году Эль Греко создал свою самую знаменитую картину — «Похороны графа Оргаса». Она до сих пор находится на том месте, для которого была написана, — в небольшой толедской церкви Сан Томе. Надпись внизу картины раскрывает содержание изображенной легенды: «Два с половиной века тому назад, когда набожного графа Оргаса, дона Гонсалеса Руис, отпевали в церкви Сан Томе среди собравшейся знати и духовных лиц, с раскрывшихся небес спустились святой Стефан и святой Августин, которые сами положили тело умершего в гробницу». В этом произведении художник выразил свое отношение к жизни и смерти — тему, которая постоянно волновала его с момента приезда в Испанию.